Denominação
Colégio de Jesus e Sé Nova
Ocupação atual
Departamento de Ciências da Terra, Departamento de Ciências da Vida, Museu da Ciência, Catedral de Coimbra
Propriedade
Universidade de Coimbra, Diocese de Coimbra

Caracterização histórico-artística
Em 1772, no âmbito da profunda reforma da Universidade de Coimbra e aproveitando o facto de o Colégio de Jesus se encontrar devoluto desde a expulsão dos jesuítas de Portugal, em 1759, foram atribuídas novas funções ao edifício, então inteiramente transformado com a construção de novos e amplos espaços em torno de três dos pátios preexistentes. Moderno e funcional, o edifício revela um sólido programa de forte linguagem classicista. Realçando o carácter pedagógico e científico da Reforma Pombalina destacam-se, entre as várias salas, os anfiteatros, onde outrora eram ministradas as aulas teóricas que antecediam as lições práticas e experimentais. O seu atual acervo museológico e bibliográfico testemunha o avanço dos estudos científicos ao longo das centúrias de setecentos e oitocentos.
O Colégio de Jesus abriga, hoje, uma parte do Museu da Ciência da Universidade de Coimbra, algumas dependências do Turismo da Universidade — como a bilheteira — e, ainda, algumas salas de aula utilizadas pela Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra.
A igreja, construída juntamente com os restantes equipamentos do antigo colégio, foi aberta ao culto em 1640 ainda com algumas dependências por terminar, como a capela-mor. Século e meio depois, no contexto da Reforma Pombalina, após ordem do Marquês de Pombal e com o apoio de D. Francisco de Lemos, então reitor reformador da Universidade e futuro bispo de Coimbra, a antiga igreja do Colégio de Jesus foi transformada na nova sede da diocese, função que desempenha até os dias de hoje, o que explica que Coimbra tenha duas igrejas conhecidas com Sé, a Velha, ou original, e a Nova, no antigo Colégio de Jesus.
Esta transferência respondia não apenas a um melhor desempenho das funções catedralícias, já inviáveis na antiga Sé, mas também a que os jesuítas, numa hipotética mudança de governo, não pudessem regressar às suas antigas dependências. Para um melhor acomodamento das suas novas funções, a nova catedral recebeu algumas remodelações, como a ampliação da área da capela-mor, a reintegração do cadeiral da antiga Sé e a recolocação dos órgãos de tubos.
Os colégios universitários
Quando em 1537, por ordem de D. João III, a Universidade é definitivamente instalada em Coimbra, a cidade é dotada de um conjunto de edifícios colegiais destinados a receber os estudantes. Essencialmente erguidos por diferentes ordens religiosas e bispos, constituem um misto de convento e residência estudantil, sendo dotados de dormitório, refeitório, salas de estudo, claustros e igreja. Aos sete primeiros erguidos na Rua da Sofia, juntaram-se muitos outros, na Alta da cidade, chegando a perfazer, no século XVIII, 25.
Em 1834, no âmbito da "Reforma geral eclesiástica", foram extintos todos os conventos, mosteiros e colégios de todas as ordens religiosas e os seus bens incorporados na Fazenda Nacional. Muitos foram reutilizados como quarteis, hospitais, estações de caminho de ferro, etc., outros vendidos em hasta pública e, assim, comprados por particulares. Em qualquer dos casos a mudança de funções e usos foi radical.