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Os Reservados da BGUC constituem um núcleo de espécies bibliográficas de maior valor bibliográfico e patrimonial. É constituído por manuscritos, incunábulos e impressos dos séc. XVI a XVIII.
Esta coleção começou a ser constituída antes da construção do atual edifício, sabendo-se que os Reservados estiveram depositados na Biblioteca Joanina até serem transferidos para o novo edifício em 1957-1958. É uma coleção em permanente atualização, onde ingressam obras que vão sendo consideradas particularmente raras e preciosas (cotas "R" e "Cofre"), simplesmente valiosas (cota "RB") ou sobretudo ilustradas (cota "RC"). Recentemente, foram incorporadas importantes coleções de publicações periódicas antigas de Coimbra.